Podczas kapituły w Plasencji w 1540 r. zaprezentował Konstytucje dla członków ściślejszej obserwancji. Gdy spotkało się to z gwałtowną opozycją, zrezygnował z urzędu i udał się wraz z św. Janem z Avila do eremu w Górach Arrabida w Portugalii. Obaj dołączyli do przebywającego w odosobnieniu ojca Martina da Santa Maria. Bardzo szybko do eremitów franciszkańskich przyłączali się nowi naśladowcy. W ten sposób powstały niewielkie wspólnoty, z których ukonstytuowała się w roku 1560 prowincja franciszkańska ściślejszej obserwancji. Piotr został wybrany magistrem nowicjuszy i gwardianem klasztoru w Pallais.
W 1553 r. ojciec Piotr wrócił do Hiszpanii. Początkowo przebywał w odosobnieniu, a następnie odbył boso daleką podróż do Rzymu, gdzie w 1554 r. otrzymał pozwolenie papieża Juliusza II na zreformowanie życia zakonnego poprzez wprowadzenie pierwotnej reguły franciszkańskiej; na mocy tego pozwolenia mógł zakładać na Półwyspie Iberyjskim ubogie konwenty, które znalazły się pod jurysdykcją generała franciszkanów konwentualnych. W 1562 r. założona przez Piotra z Alkantary prowincja została podporządkowana generałowi obserwantów. Z czasem powstały kolejne dwie nowe kustodie: św. Jana Chrzciciela w Walencji oraz św. Szymona w Galicji.
Piotr założył klasztory w Perdosa, Plasencia i w innych miejscowościach. Zakonnicy z tej nowej, zreformowanej gałęzi, nazywani "alkantarystami", dotrwali do unii braci mniejszych obserwantów, która miała miejsce w 1897 roku.
Ojciec Piotr przyjaźnił się ze św. Teresą z Avili, reformatorką zakonu karmelitańskiego. Przez pewien czas był jej spowiednikiem i kierownikiem duchowym. To właśnie on miał duży udział w odnowie tego zakonu. Po śmierci ukazał się Teresie i powiedział: "O, szczęśliwa pokuto, która wyjednałaś mi łaskę chwały niebieskiej".
Nawet król Jan III wybrał go na swojego spowiednika. Bóg obdarzył św. Piotra cierpliwością, z której słynął w Hiszpanii. Miał też dar czynienia cudów (m.in. potrafił chodzić po wodzie), prorokowania oraz mistycznych ekstaz. Jego życie odznaczało się szczerym pragnieniem i praktyką życia w ubóstwie: spał cztery godziny na dobę w pozycji siedzącej, przez cały rok chodził boso i zachowywał ustawiczny post.
Był jednym z wielkich kaznodziejów i mistyków żyjących w Hiszpanii w XVI wieku. Pozostawił wiele pism, w których opisał także swoje przeżycia duchowe.
Zmarł 18 października 1562 r. w opinii świętości w infirmerii klasztoru franciszkańskiego w Arenas de San Pedro. Jego relikwie znajdują się w kościele ufundowanym przez hiszpańskiego króla. Relikwiarz, zawierający część szczątków św. Piotra z Alkantary, znajduje się w klasztorze franciszkanów św. Idziego i św. Bernardyna w Głubczycach.
Beatyfikował go papież Grzegorz XV w 1622 r., a kanonizował w 1669 r. papież Klemens IX. Dekretem Kongregacji ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów z 1826 r. Piotr z Alkantary ogłoszony został patronem Brazylii, a w 1962 r. - Estremadury. Jest również patronem diecezji Coria-Cáceres w Hiszpanii, a także polskiej prowincji Matki Bożej Anielskiej - ojców Franciszkanów Reformatów z Krakowa. Św. Piotra z Alkantary wzywa się podczas złośliwej gorączki. Jest też opiekunem straży nocnej z racji swego ciągłego czuwania.
Źródło: http://www.brewiarz.pl/czytelnia/swieci/10-19d.php3